L'Archivio di Stato di Firenze occupava circa 250 sale del palazzo degli Uffizi, distribuendo tra il primo piano, i mezzanini e il piano terreno, circa 60 km di documentazione. Alle 5 del mattino del 4 novembre 1966 l'Arno invase 40 sale poste al piano terra, sommergendo, per un'altezza di circa 2 metri, gli scaffali sui quali erano collocati in prevalenza documentazione antica e moderna di natura giuridica e amministrativa ma anche archivi di Corporazioni religiose soppresse e di alcuni istituti di assistenza e ospedali. Al momento fu calcolato il danneggiamento di circa 45.000 pezzi, appartenenti a 46 fondi archivistici di ogni epoca fra i quali Podestà e Capitano del Popolo, Otto di guardia, Nove conservatori della giurisdizione e del dominio, Magistrato dei pupilli, Ruota criminale e civile, Stato civile toscano, Preture, Tribunali, Prefettura, Questura oltre a documentazione non ancora inventariata come gli allora recenti versamenti del Catasto particellare toscano, delle Corti d'assise e d'appello, dei Distretti militari. Dalla ricognizione del materiale alluvionato compiuta tra il 1970 e il 1987, alla vigilia del trasferimento dell'Archivio nella sua attuale sede, si arrivò a calcolare l'entità complessiva di circa 70.000 pezzi alluvionati, tenuto conto degli oltre 11.000 pezzi andati distrutti o dispersi.
Sono ormai noti i momenti drammatici che seguirono l'evento dell'alluvione: dalle prime operazioni di intervento effettuate dal personale dell’Archivio, con il sostegno e la collaborazione di un grande numero di volontari che si misero a disposizione fin dalle prime ore, ai centri che vennero allestiti per il deposito e l'asciugatura delle carte, dove furono sperimentati diversi metodi di essiccamento per evitare la distruzione dei materiali. La priorità fu data alla salvaguardia della leggibilità delle scritture provocando la perdita di numerose legature e coperte, con la conseguente dispersione del materiale e la deformazione dei supporti.
