Dopo la straordinaria gara di solidarietà generale, per far fronte all’emergenza, furono necessari adeguati finanziamenti che arrivarono dal governo italiano e dall'UNESCO, mobilitata per il recupero del patrimonio artistico e culturale di Firenze. Attraverso i finanziamenti fu possibile allestire un moderno e attrezzato laboratorio di restauro dotato di personale tecnico che ebbe la possibilità di formarsi presso i migliori centri specializzati italiani e stranieri. Il laboratorio di restauro trovò spazio nel cosiddetto Salone Palatino, all'interno del palazzo degli Uffizi, e inaugurò la sua attività nel luglio del 1968: al suo interno si formerà una nuova generazione di restauratori, dando inizio al lungo cammino che dovrà portare al restauro di tutti gli archivi danneggiati.
Il lavoro sul materiale alluvionato è continuato anche nella nuova sede dell'Archivio di Stato, inaugurata nel 1989 in piazza Beccaria, nell'edificio progettato da Italo Gamberini, che fu dotato di uno spazio ancora più ampio e attrezzato per ospitare il laboratorio di legatoria e restauro.
Nel 2006, in occasione del 40° anniversario dell'evento, fu possibile verificare che il 65% di tutto il materiale danneggiato era stato identificato, restaurato e ricollocato nei fondi di appartenenza. Rimanevano però ancora circa 2500 metri lineari di documenti da restaurare a fronte dei 4570 metri di documenti alluvionati già sistemati nei depositi della nuova sede. L'attività è proseguita nel corso degli ultimi anni, anche con il contributo di professionisti esterni, e il laboratorio ha continuato ad essere un punto di riferimento importante nel campo della conservazione dei beni archivistici grazie all'esperienza maturata con il terribile evento. Oggi il lavoro non può ancora dirsi concluso, ma le attività portate avanti attraverso questo progetto hanno contribuito in maniera significativa al processo di recupero e restauro del materiale alluvionato.
