In questo elenco i fondi sono ordinati in linea di massima, sulla base della loro appartenenza ai settori cui è affidata la responsabilità per la cura scientifica e la conservazione materiale dei fondi stessi.
I fondi sono ripartiti in:
- Pre-unitari, fondi di istituzioni anteriori all'Unità d'Italia, a loro volta suddivisi in:
- Post-unitari: fondi di uffici periferici del Regno d'Italia e della Repubblica Italiana; precede lo Stato Civile toscano, cui fanno seguito i fondi prodotti da uffici dipendenti dal Ministero dell'Interno, Tribunali ed uffici giudiziari, da uffici finanziari ed amministrativi, dai Distretti e Tribunali militari
- Diplomatico e notarili
- Arti: fondi di corporazioni di mestiere
- Conventi ed altri enti religiosi: ordinati secondo la data di soppressione
- Istituti di assistenza e beneficenza, ospedali
- Enti vari ed accademie: fondi di associazioni, enti non economici, accademie ed istituzioni educative
- Industrie ed imprese
- Famiglie e persone: elencati in ordine alfabetico
- Raccolte
- Cartografici
- Architettura arte e cultura contemporanee
Ordinamento dei fondi pre-unitari
Molto spesso l'esistenza delle istituzioni produttrici dei fondi pre-unitari si prolunga per un arco cronologico che non corrisponde alla periodizzazione politico-istituzionale adottata. Perciò possono comparire all'interno di ciascun settore fondi che si estendono ben oltre il periodo storico teoricamente assegnato al settore.
Inoltre, per l'esigenza di tenere raggruppate alcune tipologie di fondi o di rispettare il loro processo di trasmissione sono stati attribuiti ad un settore fondi che, dal punto di vista della pura e semplice cronologia, avrebbero dovuto essere ascritti ad un diverso settore. Di tutto ciò occorre tenere conto nella consultazione di questo elenco dei fondi.
All'interno di ciascun settore i fondi sono ordinati sulla base delle grandi funzioni dell'ordinamento statuale, per quanto possano essere riconoscibili all'interno di sistemi politici che non contemplano la moderna divisione dei poteri.
Precedono le istituzioni del governo politico, poi quelle amministrative infine quelle giudiziarie.
